形式审查方面的区别：黑白商标申请注册时提交黑白图样1份，彩色商标需提交彩色图样及黑白图样各1份，并在商标说明中注明指定颜色申请。

实质审查方面的区别：彩色商标具有强于黑白商标的视觉效果，具有更强的显著性，容易与在先商标从外观上形成区分，尤其彩色的图形商标，除对图形本身进行要素分类，还按照颜色数量划分颜色要素编码（白色不计入颜色数量)，在实质审查中同时比对。

商标使用方面的区别：黑白商标在使用中不限定颜色，可灵活着色，彩色商标需按指定颜色投入使用，不能擅自改变商标的颜色。

商标保护方面的区别：黑白商标在商标保护上更具优势，彩色商标只针对某一特定颜色商标具有保护作用，而黑白商标是全面保护。