主管会计工作的负责人是会计部门的上级领导，比如说总经理是企业负责人、某分管财务工作的副总经理为主管会计工作的负责人。

会计机构负责人是会计部门的领导，如财务科科长为会计机构负责人，直接管理会计内部事务，是直接性质的负责人。

补充：会计机构负责人的任职要求是什么？

依据《会计基础工作规范》，会计机构负责人、会计主管人员应当坚持原则，廉洁奉公；具备会计师以上专业技术职务资格或者从事会计工作不少于三年；熟悉国家财经法律、法规、规章和方针、政策，掌握本行业业务管理的有关知识；有较强的组织能力；身体状况能够适应本职工作的要求。