跨地区经营汇总纳税是指居民企业在中国境内跨省、自治区、直辖市和计划单列市，设立不具有法人资格分支机构，实行"统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库"的企业所得税征收管理办法。2012年底，国家税务总局发布了2012年第57号公告，对跨地区经营汇总纳税作出了具体规定。今天，小编主要向大家介绍在各地区税率不同的情况下，如何在汇算清缴时确定总机构和各分支机构应纳税款。

第一步 划分应纳税所得额

按照57号公告要求，跨区经营汇总计算的企业所得税，50%在各分支机构间分摊，50%由总机构分摊。以D公司汇总应纳税所得额1000万元为例，总机构要分摊500万元，三个分公司共分摊500万元。

第二步 计算分摊比例

按规定，总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例，三因素的权重依次为、、。计算公式为：某分支机构分摊比例=(该分支机构营业收入/各分支机构营业收入之和)×(该分支机构职工薪酬/各分支机构职工薪酬之和)×(该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和)× 假定根据以上公式，计算出K、T、L三家分支机构分摊比例分别是、、。如果在各地区税率相同的情况下，到这里，便可通过两次分摊，计算得出各机构应纳税额，但由于L公司享受优惠税率，那么我们还要继续往下走。

第三步 计算总应纳税额

总机构应纳税额=总机构分摊应纳税所得额×总机构适用税率

各分支机构应纳税额=分支机构分摊应纳税所得额合计数×各分支机构分摊比例×适用税率

总分机构总应纳税额=总机构应纳税额+各分支机构应纳税额合计

例如：

D公司应纳税额=1000×50%×25%=125万元

L公司应纳税额=1000×50%××15%=万元

而K、T公司应纳税额分别为25万元和万元，则总分机构合计应纳税额=225万元。

第四步 分支机构按分摊比例分摊税额

在各地区税率不同情况下，分支机构分摊的税额=总分机构总应纳税额×50%×分支机构分摊比例

以L公司为例，其分摊的税额=225×50%×万元。

同理，K、T公司分摊的税额为万元和万元。

小伙伴们请注意，在分支机构企业所得税税率不同时，总机构务必按照57号公告要求，分步确定各分支机构分摊的税额，否则会造成分支机构多缴或少缴税款。此外，企业所得税汇算清缴的主体仍然是总机构，分支机构并不需要进行年度纳税调整或自行计算应纳税额，只需根据总机构分配的税款，就地补税或退税。但为保证相关工作顺利进行，分支机构仍需要填报年度纳税申报表相关内容，但这与总机构的年度纳税申报不属于同一概念。