海关进口增值税专用缴款书在抵扣时，纳税人需要先在增值税发票综合服务平台进行勾选，然后才可以进行抵扣。实际勾选抵扣时，单抬头海关缴款书和双抬头海关缴款书在处理程序上有所差异：

1、单抬头海关缴款书

纳税人的海关进口增值税专用缴款书是单抬头时，不需要采集信息直接在增值税发票综合服务平台进行勾选抵扣即可。之所以不需要采集信息，这是因为海关进口增值税专用缴款书为单抬头时，税务机关会按照海关缴款书上注明的纳税人的信息，把海关进口增值税专用缴款书上面的涉税信息，直接推送给纳税人。

2、双抬头海关缴款书

纳税人的海关进口增值税专用缴款书采集完成，并通过审核之后，才可以进行勾选认证。

由于“双抬头海关缴款书”上面既有纳税人自己的名字，也有进出口业务的代理企业。而且他们都可以抵扣海关缴款书。但是，税务机关不知道哪个单位会进行抵扣，所以双抬头海关缴款书进行抵扣时，需要先把海关缴款书的信息采集进入系统以后，才能进行勾选抵扣。

什么是单抬头海关进口增值税专用缴款书？

对于企业来说，如果自己自营进口业务，那么在实际报关时，由于是纳税人自己直接采购付款，所以在海关进口增值税专用缴款书上面只有纳税人自己的名字。由于只有一个名字，所以这样的海关缴款书就被称为“单抬头海关进口增值税专用缴款书”。这个时候，报关单上面的“境内收货人”、“消费使用单位”都是纳税人自己公司的名字。

什么是双抬头海关进口增值税专用缴款书？

“双抬头海关进口增值税专用缴款书”是相对于，“单抬头海关进口增值税专用缴款书”来说的。当企业自己不经营进出口业务，而是委托代理公司进行办理进出口业务时，获得的海关缴款书就是“双抬头海关进口增值税专用缴款书”。也就是说在海关缴款书上面，除了纳税人自己，还会显示代理人的名称。这个时候，报关单上面的“境内收货人”就是进口业务代理企业，而“消费使用单位”就是委托企业自己。

当然，不管是“单抬头海关进口增值税专用缴款书”，还是“双抬头海关进口增值税专用缴款书”，在实际使用时并没有本质的区别。只不过由于纳税人进出口业务的业务模式不同，才有出现这样的差异！

海关进口增值税专用缴款书“抵扣”和“出口退税”时，处理的方式一样吗？

我们知道，海关进口增值税专用缴款书不仅可以用于抵扣，也可以直接进行退税。当然，“抵扣”和“出口退税”虽然都需要通过“增值税发票综合服务平台”进行处理，但是，它们的处理方式并不相同。

1、“抵扣”

海关进口增值税专用缴款书用于“抵扣”时，直接登录增值税发票综合服务平台，找到 “抵扣勾选”菜单下面的“发票抵扣勾选”模块，然后在发票类别中选择“海关缴款书”，最后勾选状态选择“未勾选”，并点击查询，这样我们勾选符合查询条件的缴款书即可。

2、“出口退税”

海关进口增值税专用缴款书用于“出口退税”时，也是需要通过登录增值税发票综合服务平台。当然，基本的处理方式和“抵扣”也是一样的。只不过，需要直接进行退税勾选。具体来说，登录增值税发票综合服务平台后，直接找到并点击进入“退税勾选”模块中的“发票退税勾选”模块，然后在发票类别中选择“海关缴款书”，勾选状态选择为“未勾选”，点击查询。这样就可以选择用于“出口退税”的海关缴款书了。