在日本申请商标需要支付一定的费用，这些费用包括申请费、注册费、续期费等。此外，如果通过代理机构申请商标，还需要支付代理费。

首先，申请费是指在提交商标申请时需要支付的费用。在日本，申请费用是根据商品或服务的种类而异的。例如，申请一个商品或服务的商标的费用为1万3400日元，每增加一个商品或服务则需要支付1万2000日元。

其次，注册费是指在商标申请被批准后需要支付的费用。根据商标种类和数量的不同，其费用也会有所变化。以普通商标为例，根据商标注册条例规定，注册费用为2万8000日元。

另外，商标申请后，商标权有效期为10年。在这段时间内，如需保持该商标的权益，则需要每隔10年缴纳续期费用。根据商标注册条例规定，商标有效期满之日起6个月内申请续期的商标应缴纳1万5000日元的续期费用。

最后，如果选择通过代理机构申请商标，则需要支付代理费。代理费的高低取决于代理机构的资质和服务水平。通常情况下，代理费用在几千到几万元之间。因此，在选择代理机构时，需要根据自己的情况进行权衡和选择。

总体而言，商标申请中包含的费用有申请费、注册费和续期费，而代理费则根据代理机构的不同而异。针对这些费用，申请人需要进行合理规划和预算，以确保商标申请能够顺利进行并保持商标权益的有效性。