新注册公司的核算方式一般选择“独立核算”或“非独立核算”。

独立核算：是指对本单位的业务经营活动过程及其成果进行全面、系统的会计核算。一般来说，总公司或具有完整会计凭证和会计账簿体系的公司，会选择独立核算。独立核算单位的特点是在管理上有独立的组织形式，具有一定数量的资金，在当地银行开户；独立进行经营活动，能同其他单位订立经济合同；独立计算盈亏，单独设置会计机构并配备会计人员，并有完整的会计工作组织体系。

非独立核算：又称报帐制，是把本单位的业务经营活动有关的日常业务资料，逐日或定期报送上级单位，由上级单位进行核算。一般来说，分公司或没有完整会计凭证和会计账簿体系的单位，会选择非独立核算。非独立核算单位的特点是一般由上级拔给一定数额的周转金，从事业务活动，一切收入全面上缴，所有支出向上级报销，本身不单独计算盈亏，只记录和计算几个主要指标，进行简易核算。

综上所述，新注册公司的核算方式应根据公司的实际情况和组织结构来选择。如果是总公司或具有完整的会计凭证和会计账簿体系的公司，应选择独立核算；如果是分公司或没有完整会计凭证和会计账簿体系的单位，则可以选择非独立核算。