工程个人所得税的计算方式是以个人每一纳税年度的经营收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为个人应纳税的所得额。工程个人经营所得是按年计算个人所得税的。

法律依据：

《中华人民共和国个人所得税法》第六条

应纳税所得额的计算：

（三）经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。

《中华人民共和国个人所得税法》第十二条

纳税人取得经营所得，按年计算个人所得税，由纳税人在月度或者季度终了后十五日内向税务机关报送纳税申报表，并预缴税款；在取得所得的次年三月三十一日前办理汇算清缴。 纳税人取得利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，按月或者按次计算个人所得税，有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款。