高新企业认定专项审计报告应当包括下列要素：

标题，收件人；引言段；管理层的责任段，注册会计师的责任段；说明段，审计意见段；编制基础及使用限制段；注册会计师的签名和盖章；会计师事务所的名称、地址及盖章；以及报告日期。

注意事项：

1.专项审计报告不应后附整套财务报表

根据《中国注册会计师审计准则第1601号─对特殊目的审计业务出具审计报告》的规定,注册会计师不应将整套财务报表附于专项审计报告后，以免信息使用者误认为对财务报表组成部分出具的审计报告与整套财务报表相关。

2.对年度财务报表审计报告的特殊考虑

注册会计师会整体考量年度财报与研究开发费用、高新技术产品收入明细审计有关的审计结论，关注年度财报审计财报类型，对于存在申报企业研究开发费用、高新技术产品（服务）收入相关的非标准审计报告情况的，须考量其对该专项审计业务和审计意见影响。

如果已对整套财务报表出具否定意见或无法表示意见的审计报告，只有在企业年度研究开发费用和高新技术产品（服务）收入并不构成财务报表的主要部分时，注册会计师才可以对其出具专项审计报告。否则，会对整套财务报表的审计报告产生影响。