当股东不配合股权变更时，处理方式需根据公司章程、法律规定及具体情况采取相应措施。以下是分步骤的法律建议和解决方案：

一、核查公司章程与股东协议

1. 查阅章程条款

- 检查公司章程中对股权转让、股东变更的具体规定（如优先购买权、表决程序等）。若章程规定其他股东有优先购买权，需先履行通知义务。

- 确认是否需要股东会决议或特定比例表决通过。

2. 股东协议约定

- 若存在股东协议，查看其中关于股权转让的违约责任或强制出售条款（如“拖售权”条款）。

二、尝试协商解决

1. 书面催告

- 向不配合的股东发送《催告函》，要求其限期配合办理变更手续，并保留送达证据（如公证邮寄）。

- 可提出补偿方案（如支付合理费用）或通过第三方调解。

2. 召开股东会

- 若变更涉及合法决议（如股权转让已获其他股东同意），可通过股东会形成决议，要求其配合。

三、法律途径

1. 提起民事诉讼

- 案由选择

- 股权转让***：若已签订股权转让协议，可***要求履行合同义务（配合变更登记）。

- 股东资格确认***：若因继承、赠与等取得股权，可诉请法院确认股东身份。

- 公司决议效力***：若股东会已通过变更决议，可诉请确认决议效力。

- 证据准备

- 股权转让协议、付款凭证、股东会决议、催告记录等。

- 证明对方无正当理由拒不配合（如恶意拖延）。

- 执行：胜诉后凭判决书要求公司及股东配合，拒不履行可申请强制执行（法院可强制变更登记）。

2. 行政投诉

- 向当地市场监管部门投诉，但通常需法院或仲裁生效文书方可强制变更。

3. 仲裁（如有约定）

- 若协议约定仲裁条款，可申请仲裁并凭裁决书办理变更。

四、特殊情形处理

1. 股东失联或死亡

- 失联：通过公告送达后诉讼。

- 死亡：需先完成继承程序（公证或诉讼），再由继承人配合变更。

2. 公司拒不办理

- 可一并***公司，要求其配合履行变更登记义务。

五、风险提示

- 时效性：股权变更***通常适用3年诉讼时效（自知道权利受损之日起算）。

- 程序合法性：确保转让程序合法（如其他股东放弃优先购买权的书面证明）。

- 公司债务风险：若未变更登记，原股东可能被外部债权人追索。

建议行动步骤

1. 收集证据（协议、付款证明、沟通记录等）。

2. 发送书面催告，给予合理期限（如15日）。

3. 咨询律师：针对具体情况起草法律文书或启动诉讼。

4. 备选方案：若无法协商，及时***以避免损失扩大。